COMATEGE : un Groupe de Travail du pôle Algorithmique et combinatoire du GDR IM

GDR Informatique Mathématique

Le GDR (Groupement de Recherche) Informatique Mathématique est une action structurante nationale financée par le CNRS. Son objectif est d'animer et organiser la recherche en France dans le domaine frontalier entre l'informatique et les mathématiques. Le GDR Informatique Mathématique est composé des trois pôles suivants :

Algorithmique et combinatoire
Calcul formel, arithmétique, protection de l'information, géométrie
Logique et complexité

Notre groupe de travail fait partie du premier pôle, composé de cinq groupes de travail :

ALEA (resp. Philippe Flajolet)
COMATEGE : Combinatoire des mots, algorithmique du texte et du génome (resp. Thierry Lecroq)
Combinatoire algébrique (resp. Jean-Christophe Novelli)
Graphes (resp. André Raspaud)
SDA2 : Systèmes dynamiques, Automates et Algorithmique (resp. Jean Mairesse)

Groupe de travail COMATEGE : Combinatoire des mots, algorithmique du texte et du génome

Ce groupe de travail regroupe des équipes de recherche et des chercheurs individuels travaillant dans les domaines de la combinatoire de mots, l'algorithmique textuelle et le traitement informatique des séquences biologiques (ADN, ARN, protéines). Une partie notable de cette communauté appartient également à la communauté bioinformatique et participe de ce fait également au GDR Bioinformatique Moléculaire. Les objectifs du groupe de travail COMATEGE incluent :

avoir une vue synthétique et prospective des recherches francaises dans ce domaine ;
organiser des journées annuelles ;
relayer via la liste de diffusion les informations pouvant intéresser la communauté ;
mieux intégrer dans la communauté les chercheurs isolés ;
participer au financement de manifestations liées au thème ;
organiser des visites-échanges entre doctorants.

Journées nationales

En 2007, les journées nationales du GT COMATEGE ont eu lieu les 26-28 septembre à l'université Marne-la-Vallée. Elles ont été organisées conjointement avec le groupe Analyse de séquences du GDR Bioinformatique Moléculaire.

En 2008, les journées nationales du GT COMATEGE ont eu lieu les 17-19 septembre à l'université de Rouen. Elles ont été organisées conjointement avec le GT Systèmes dynamiques, automates et algorithmes.

En 2009, les journées nationales du GT COMATEGE ont eu lieu les 25 et 26 janvier 2010 à Montpellier. Elles ont été organisées conjointement avec le groupe Analyse de séquences du GDR Bioinformatique Moléculaire.

En 2010, les journées nationales du GT COMATEGE ont eu lieu les 10 et 11 janvier 2011 à Rennes. Elles ont été organisées conjointement avec le groupe Analyse de séquences du GDR Bioinformatique Moléculaire.

En 2011, les journées nationales du GT COMATEGE auront lieu les 8 et 9 décembre 2011 à Lille. Elles seront organisées conjointement avec le groupe Analyse de séquences du GDR Bioinformatique Moléculaire.

Ces journées font suite notamment aux rencontres suivantes :

Montpellier (http://www.lirmm.fr/~w3ifa/MAAS/ALBIO.html), mars 2002
Rouen (http://www-igm.univ-mlv.fr/~lecroq/RoSA/), juin 2002
Nancy, janvier 2003
Montpellier, novembre 2003
Nantes, mai 2004
Lille, novembre 2004
Orsay (http://www.lirmm.fr/~rivals/RESEARCH/MATHSTIC/), novembre 2005

Projets ANR

Les projets ANR dans lesquels des participants du groupe COMATEGE sont impliqués :

Brasero : Biologically Relevant Algorithms and Softwares for Efficient RNA Structure Comparaison, appel blanc 2006-2009
RNA RECOD : Influence of mRNA structures on ribosome accuracy, appel blanc 2006-2009
LAREDA : Lattice Reduction Algorithms: Dynamics, Probabilities, Experiments, Applications, projet blanc 2006-2009
SIMBALS : SIMilarity Between Audio signaLS, projet ANR jeunes chercheurs 2007
GAMMA : Génération aléatoire : modèles, méthodes et algorithmes, projet blanc 2008-2010 (responsable : F. Bassino)
SUBTILE : Substitutions et pavages, projet blanc 2009-2012
MAPPI : Algorithmique et méthodes bioinformatiques pour l’analyse de données issues de séquenceurs haut débit, 2010-2013
BIRDS : BIological networks, RaDiotherapy and Structures, projet ANR jeunes chercheurs 2011