COMATEGE : un Groupe de Travail du pôle Algorithmique et combinatoire du GDR IM
Le GDR (Groupement de Recherche)
Informatique Mathématique est une action structurante nationale
financée par le CNRS.
Son objectif est d'animer et organiser la recherche en France dans le domaine frontalier entre
l'informatique et les mathématiques.
Le GDR Informatique Mathématique
est composé des trois pôles suivants :
- Algorithmique et combinatoire
- Calcul formel, arithmétique, protection de l'information, géométrie
- Logique et complexité
Notre groupe de travail fait partie du premier pôle, composé de cinq
groupes de travail :
Groupe de travail COMATEGE : Combinatoire des mots, algorithmique du texte et du génome
Ce groupe de travail regroupe des équipes de recherche et des chercheurs individuels travaillant
dans les domaines de la combinatoire de mots, l'algorithmique textuelle et le traitement
informatique des séquences biologiques (ADN, ARN, protéines).
Une partie notable de cette communauté appartient également à
la communauté bioinformatique et participe de ce fait également au
GDR Bioinformatique Moléculaire.
Les objectifs du groupe de travail COMATEGE incluent :
- avoir une vue synthétique et prospective des recherches francaises dans ce domaine ;
- organiser des journées annuelles ;
- relayer via la liste de diffusion les informations pouvant intéresser la communauté ;
- mieux intégrer dans la communauté les chercheurs isolés ;
- participer au financement de manifestations liées au thème ;
- organiser des visites-échanges entre doctorants.
Journées nationales
En 2007, les journées nationales
du GT COMATEGE ont eu lieu les 26-28 septembre à
l'université Marne-la-Vallée.
Elles ont été organisées conjointement avec le
groupe Analyse de séquences du
GDR Bioinformatique Moléculaire.
En 2008, les journées nationales du GT COMATEGE
ont eu lieu les 17-19 septembre à l'université de Rouen.
Elles ont été organisées conjointement avec le
GT Systèmes dynamiques, automates et algorithmes.
Projets ANR
Les projets ANR dans lesquels des participants du groupe COMATEGE sont impliqués :
- Brasero : Biologically
Relevant Algorithms and Softwares for Efficient RNA Structure
Comparaison, appel blanc 2006-2009
- RNA RECOD :
Influence of mRNA structures on ribosome accuracy, appel blanc 2006-2009
- LAREDA : Lattice Reduction Algorithms: Dynamics, Probabilities,
Experiments, Applications, projet blanc 2006-2009
-
SIMBALS : SIMilarity Between Audio signaLS,
projet ANR jeunes chercheurs 2007
-
GAMMA : Génération aléatoire : modèles, méthodes et algorithmes,
projet blanc 2008-2010 (responsable : F. Bassino)
Composition du groupe : équipes et participants
Les membres permanents (chercheurs et enseignants-chercheurs) sont indiqués
en police noire.
Les membres non-permanents (post-docs, ATER et doctorants)
sont indiqués en police rouge.
Merci de signaler toute erreur ou omission à Thierry.Lecroq[AT]univ-rouen.fr
GREYC UMR 6072, Université de Caen, équipe Algorithmique
IGM, Laboratoire d'Informatique UMR 8049, Université Paris-Est Marne-la-Vallée, équipe Algorithmique
INRIA-Rocquencourt, projet ALGO et LIX, Paris
IRISA, Rennes, équipe Symbiose
LaBRI UMR 5800, Bordeaux, équipe MaBioVis
LAMA UMR 5127, Université de Savoie, Annecy, équipe LIMD
LIAFA UMR 7089, Paris, équipe Automates et applications
LIAFA UMR 7089, Paris, équipe Algorithmique et combinatoire
LIF UMR 6166, université de la Méditerranée, é quipe Systèmes complexes, automates et pavages
LIFL UMR 8022, Lille, équipe SEQUOIA
LIFL UMR 8022, Lille, équipe Calcul Formel
- Hoang Ngoc Minh
Christian Costermans
LINA UMR 6241, Univesrité de Nantes, équipe ComBi
- Jérémie Bourdon
- Damien Eveillard
- Guillaume Fertin
- Irena Rusu
Sébastien Angibaud
Philippe Bordron
Solenne Carat
Freddy Cliquet
Mylène Maurin
LIPN UMR 7030, Université Paris 13, équipe OCAD
LIRMM UMR 5506, Montpellier, équipe ARITH
- Valérie Berthé
- Patrice Séébold
Guillaume Delalleau
Annie Lacasse
Xavier Provencal
Frederic Rieux
LIRMM UMR 5506, Montpellier, équipe MAB
- Annie Chateau
- Éric Rivals
Sébastien Leclerq
Raluca Uricaru
LITIS EA 4108, Université de Rouen, équipe C&A
LITIS EA 4108, Université de Rouen, équipe TIBS
LMRS UMR 6085, Université de Rouen
LORIA, Nancy, équipe Adagio
LRI UMR 8623, Orsay, équipe Bioinformatique
LRI UMR 8623, Orsay, équipe Algorithmique et Complexité
MIS, Université de Picardie, Amiens, équipe SDMA
Université Libre de Bruxelles, Laboratoire de Bioinformatique des Génomes et des Réseaux